Innanzi tutto è preferibile scriverli senza trattino (nave traghetto) e nel plurale muta solo la desinenza del primo termine (o nome): navi traghetto (navi-traghetto); buste paga (buste-paga) per un motivo semplicissimo.
Si tratta di nomi che rappresentano un’intera frase abbreviata. Quando diciamo, per esempio, carrozza ristorante intendiamo dire carrozza “che fa da” ristorante, quindi…
Nei nomi accoppiati (o accostati), insomma, nella forma plurale si modifica soltanto il sostantivo fondamentale (il primo), mentre l’altro (il secondo), quello che esprime la “funzione”, resta invariato.
Una regola empirica: cambia solo il primo nome se con i due sostantivi accoppiati si può formare una proposizione relativa.